Lagavulin signifie "le moulin dans la vallée" en gaélique. Un an après sa création, une deuxième distillerie, Kildalton, fut construite sur le même site. Elles réunirent leur activité en 1837 pour former une seule et même entité. En 1908, les propriétaires de Lagavulin firent construire une autre distillerie, Malt Mill, le moulin à malt, censée concurrencer la distillerie voisine Laphroaig. Malt Mill fut démantelée en 1960 et, deux ans plus tard, ses deux alambics furent transférés à Lagavulin.